Vilniuje yra ne mažiau nei 4 baptistų bažnyčios. Kiekviena jų yra savarankiškas juridinis vienetas, tačiau tarpusavyje palaiko ryšius ir mielai bendradarbiauja. Visos Vilniaus baptistų bažnyčios laiko pamaldas lietuvių kalba, kai kurios siūlo pamaldų vertimus ir į kitas kalbas.

Seniausiai įsikūrusi Vilniuje yra Vilniaus „Naujojo Testamento" baptistų bendruomenė.